Café Guix

This page is about monthly hacking sessions for French-speaking scientists and HPC practitioners, covering a range of topics from user interface matters to deep packaging dives. Read below for past and upcoming sessions.

Le Café Guix est un temps d’échange mensuel et informel autour du gestionnaire d’environnement logiciel GNU Guix. Étudiant·e·s, chercheuses et chercheurs, administrateur·ice système, IT support de laboratoire ou de Centre de Calcul, tout le monde est bienvenu·e dans ce rendez-vous mensuel d’une heure où l’on discutera de questionnements apportés par chacun sur Guix et sa pratique au sens large.

La participation aux Cafés Guix est libre, aucune obligation d’assiduité n’est imposée. En fonction des sujets abordés, il est fort possible que vous soyez parfois peu concernés. Si vous voulez discuter d’un sujet spécifique (par ex. interface utilisateur·ice, empaquetage, installation système, problème sur un paquet spécifique), n’hésitez pas à nous en faire part en amont afin que l’on puisse répondre aux envies de tout le monde.

Ils ont lieu de façon générale les derniers mardis de chaque mois de 13h à 14h en visio sur ce lien :

▶ BigBlueButton — entrez votre nom et rejoignez-nous. N'hésitez pas à rejoindre le groupe Mattermost dédié pour prolonger la discussion entre deux sessions !

Nous avons choisi de labelliser les sessions par des petits logos qui indiquent le niveau de difficulté du thème présenté :

Ces niveaux sont bien sûr donnés à titre indicatif.

Programme des sessions 2025–2026

Une nouvelle saison des cafés Guix s'annonce avec un programme articulé une fois encore autour de différents niveaux de pratique et d'utilisation de Guix. Si vous souhaitez voir aborder un sujet n'hésitez pas à nous contacter.

Programme des sessions à venir

• 16/12/2025 Comment avoir plus de paquets pour Guix ? Simon Tournier

Résumé : Dans ce dernier Café Guix de l'année nous parlerons de comment créer des paquets simples, peut-être les personnaliser, puis surtout nous parlerons de canaux pour étendre sa collection de paquets. Nous commencerons par un rappel sur étendre localement la collection de paquets via --load-path puis comment transformer ces définitions de paquet en canal partageable. Ou peut-être contribuer à des canaux déjà existants. Pour finir, nous amorcerons une discussion sur la maintenance des canaux tiers.

• 27/01/2026 Contribuer à guix science pour mettre à disposition plein de paquets pour le calcul scientifique et le HPC. Romain Garbage

• 03/03/2026 Retour d'expérience de Spack à Guix : pourquoi et comment ? Florent Pruvost

• 31/03/2026 Retour d'expérience de Conda à Guix : pourquoi et comment ? Konrad Hinsen

• 19/05/2026 : Workshop à Bordeaux : nous vous attendons nombreux, en introduction des journées du réseau national de recherche reproductible ! Programme à venir ...

Sessions passées

• 14/10/2025 Tout le monde peut apprendre à utiliser Guix !, Nicolas Vallet

Résumé : Dans le domaine biomédical, la reproductibilité est principalement enseignée dans le cadre d'expériences en laboratoire. La description des analyses de données se concentre généralement sur des mesures de base telles que la mention de la version du logiciel utilisé, le partage des données brutes et, parfois, la fourniture d'un script partiel. Cette présentation vise à montrer comment nous sommes passés des étiquettes de version à Guix et comment cela a façonné nos flux de travail pour analyser divers types de données, englobant les omiques et les mesures ciblées. Finalement, je présenterai la manière dont nous avons efficacement rendu compte de son utilisation dans nos publications.

• 25/11/2025 Reproducible computation using Guix and CWL (in english). Arun Isaac. Résumé : Traditionally, HPC jobs are submitted as bash scripts to a batch scheduler. These scripts invariably involve specifics of the HPC system, and are not reproducible. This approach also requires micro-management and manual bookkeeping of input, output and temporary files—it is not at the right level of abstraction for scientists thinking about their science. Guix, the functional package manager that we love and use, offers strong reproucibility guarantees and precise tracking of software provenance. Workflow languages such as the Common Workflow Language (CWL) abstract away the manual bookkeeping, and provide a description of the workflow that is easily reproduced on other systems. In addition, CWL being a specification, it is easy to implement runners that are standards compliant but run on different execution environments—single machine, HPC cluster and cloud alike. In this talk, I will describe and demo a reproducible computational stack built on ccwl, ravanan and Guix. ccwl, the Concise Common Workflow Language, is a workflow language that compiles to the Common Workflow Language. ravanan is a CWL runner that runs on HPC clusters and uses Guix to facilitate reproducible computation. ravanan caches all intermediate outputs. And, thanks to Guix's robust hashing of the entire dependency tree, ravanan's cache is guaranteed to never go stale: thus you never have to recompute any step and never fear that your cache may be stale.

Continuer la discussion

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Archives des sessions précédentes …

Organisation

• Céline Acary-Robert (Université Grenoble-Alpes)
• Pierre-Antoine Bouttier (CNRS)
• Ludovic Courtès (Inria)
• Yann Dupont (Université Nantes)
• Jean-François Guillaume (Université Nantes)
• Simon Tournier (Université Paris)